La Tierra es invadida por seres extra-dimensionales, conocidos como “Los Nova”. Kazuya perdió a su hermana en la guerra que se desató contra estos seres, y decide enrolarse en Genetics, una academia militar donde se entrena a las guerreras conocidas como Pandoras, quienes, mediante la implantación en sus cuerpos de un tejido conocido como Stigmata, adquieren las habilidades necesarias para combatir a los invasores.